Las fases del juego son distintas etapas en las que se conforma un turno dentro de un duelo.
Todos los turnos poseen las mismas fases y se pueden saltar si un jugador lo decide o por el efecto de una carta.
Draw Phase
Esta es la fase inicial de un turno que consiste en que el jugador activo puede robar 1 carta de su deck a excepción que sea el jugado que inicia el duelo, en donde no puede robar la carta.
Esta fase del juego solo puede realizarse si existe cartas en el deck, en caso contrario el jugador activo pierde el duelo.
Después de robar una carta puedes activar una carta mágica de juego rápido o cartas trampa antes de pasar a la Standby Phase.
StandBy Phase
Existen varias cartas que requieren activar un efecto y/o pagar un coste específico que solo pueden ser activadas en esta fase del juego.
En caso que tú o tu oponente no posean cartas que requieran de esta fase, alguno de los jugadores pueden activar el efecto de una carta previo entrar a la siguiente fase.
Main Phase I
Tal como lo menciona el nombre, esta es la fase en la que desarrollarás la mayoría de tus jugadas, en esta fase del juego podrás realizar las siguientes acciones.
| Acción | Descripción |
| Activar Cartas o Efectos | Esto hace referencia a que en esta etapa podrás activar tus cartas mágicas, trampas y monstruos junto con efectos de esta mismas, la cantidad de veces que quieras y puedas, como también pagar costes de efectos. |
| Invocar Monstruos | Solo puedes realizar una invocación normal por turno (colocar boca abajo y/o invocar por sacrificio también cuenta en esta categoría). Por otro lado, si puedes realizar invocaciones especiales, no tienes un límite para ello. |
| Modificar la posición de tus monstruos | Solo puedes cambiar la posición de un monstruo una vez por turno pero existen restricciones, es decir, no puedes cambiar la posición de un monstruo que fue invocado en el mismo turno (a menos que por efecto se pueda), cambiar la posición en la Main Phase 2, cambiar la posición si el monstruo atacó |
| Colocar cartas Mágicas y Trampas | Puedes colocar cualquier cantidad de cartas mágicas y trampa (siempre y cuando existan zonas disponibles) |
Battle Phase
En esta fase del juego es donde podrás batallar con los monstruos oponentes o atacar directamente a tu adversario, esta fase está compuesta de 4 pasos, que corresponden a los siguientes:
| Step | Descripción |
| Star Step | La Battle Phase comienza cuando el jugador activo explícitamente indica que comenzará la fase Ej: “Comenzaré mi Battle Phase” |
| Battle Step | Este step comienza cuando declaras un ataque e indicas el monstruo que será atacado (o si atacarás directamente), si tu oponente no puede realizar ninguna acción en respuesta se procede a comenzar el damage step. Cada monstruos que controles solo puede atacar una vez (a menos que algún efecto indique lo contrario). |
| Damage Step | Este etapa consiste en calcular el daño resultante por el ataque a un monstruo o el daño directo, posterior a este cálculo se vuelve al battle step. |
| End Step | Una vez finalizadas todas las batallas se procede a finalizar la phase, debes indicar claramente que finalizarás esta etapa. |
Nota: Puede darse la situación en que tú declares tu ataque y seleccionado el monstruo que será atacado, este último sea retirado del campo o se coloque un monstruo en el campo previo el damage step por medio un efecto de una carta.
Si sucede esto se activa una repetición, esto consiste en que puedes decidir si quieres seguir atacando con el mismo monstruo, atacar con otro o simplemente no atacar.
Si decides atacar con otro monstruo, ya no puedes declarar un ataque con el monstruo que declaró en primer lugar en este turno.
Main Phase II
Esta fase del turno es igual a la Main Phase II, con la diferencia que si ya has activado cartas o efectos que poseen un límite de veces, no podrás activarlos en esta fase del juego.
Fuera de esto puedes realizar las mismas acciones descritas en la Main Phase I.
End Phase
Esta fase consiste en dar por terminado el turno, la cual debe ser indicada de manera muy clara.
También puedes resolver los efectos de cartas que lo indican (Cartas soporte Blue-Eyes por ejemplo) o alguna efecto de carta que tu quieres.
Si posee más de 6 cartas en tu mano deberás descarta una carta al cementerio hasta que solo poseas 6 cartas en mano.